Ze względu na swoją funkcję pomostu między państwami sąsiadującym ze sobą regionom Polski i Niemiec przypada szczególna odpowiedzialność za pielęgnowanie i pogłębianie stosunków polsko-niemieckich. Pod koniec października 1996 roku rzecznicy ówczesnych polskich województw: Gorzowskiego, Szczecińskiego, Jeleniogórskiego i Zielonogórskiego wspólnie z rzecznikami rządów Brandenburgii, Meklemburgii-Pomorza Przedniego oraz Saksonii porozumieli się w Dreźnie w sprawie koncepcji nagrody. Podczas spotkania polskiego ministra spraw zagranicznych Dariusza Rosatiego z wojewodami regionów przygranicznych i premierami rządów niemieckich krajów związkowych graniczących z Polską 4 grudnia 1996 roku w Żaganiu koło Zielonej Góry został podpisany wspólny dokument ustanawiający Polsko-Niemiecką Nagrodę Dziennikarską. Od tego czasu corocznie w kategoriach prasa, radio i telewizja przyznawana jest nagroda za prace, które w ciekawy sposób przedstawiają drogę ku zrastaniu się i koegzystencji na polsko-niemieckim pograniczu.

Gospodarzem pierwszej edycji nagrody była Saksonia. Obowiązki gospodarza co roku przejmuje jeden z regionów, na przemian w Polsce lub w Niemczech.

W 2006 roku, 10 lat po podpisaniu porozumienia doszło do rozmów między fundatorami Polsko-Niemieckiej Nagrody Dziennikarskiej oraz dwiema fundacjami znanymi ze swej działalności na rzecz porozumienia polsko-niemieckiego. Wsparcie Fundacji Roberta Boscha i Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej oraz włączenie nagrody w Polsko-Niemieckie Dni Mediów ma na celu zwrócenie większej uwagi środowiska dziennikarzy na kraj sąsiada i na ciągłą potrzebę szerszego i rzetelnego informowania o sobie nawzajem. Nowy projekt ma pomóc stworzyć rzeczywistą platformę wymiany poglądów oraz sieć indywidualnych kontaktów między dziennikarzami z obu krajów.